Localizada  en la  Plaza San José en el  
Antiguo San Juan.   

La  Iglesia de  San José era  la iglesia del Convento de los Dominicos  y
por lo tanto inicialmente  se le llamó Iglesia Conventual de Santo Tomás.
Se comenzó a  construir  en  1532.   

Cuando  en  1858  pasó  a  la orden Jesuíta se comenzó a denominar 
Iglesia San José.   Se le  considera un ejemplo de estilo 
arquitectónico gótico en América. 

Cuando  se  trajeron   los  restos  de  Juan  Ponce  de León  a  San  Juan  fueron enterrados  en  la  Capilla Mayor  de  la  iglesia  San José hasta
1908  que  son trasladados a la Catedral.